A Pannon Egyetem története 1949-ben kezdődött, amikor a Budapesti Műszaki Egyetem Nehézvegyipari Karának képzése Veszprémbe települt. Két évvel később, 1951-ben az intézmény önállóvá vált Veszprémi Vegyipari Egyetem néven, egykarú szervezetként, ahol a dékán rektori jogkört is gyakorolt. Az első rektor (dékánként is) Polinszky Károly volt (1949–1952). A fejlődés már az első években megkezdődött: 1952. augusztus 20-án átadták a NEVIKI és MÁFKI kutatóintézeteket, immár Bereczky Endre (1952–1953) vezetésével. Az építkezések is gyors ütemben haladtak, 1953 őszére elkészült a C épület – ekkor Nemecz Ernő (1953–1954) állt az intézmény élén.
1954-től 1963-ig újra Polinszky Károly irányította az egyetemet, immár rektori címmel. Ekkor épült ki az oktatási infrastruktúra nagy része, és megerősödött a tudományos élet. Az 1956-os forradalom idején az egyetem aktív szerepet vállalt: megalakult a Veszprémi Vegyipari Egyetemi MEFESZ, a C épületből sugárzott a Szabad Veszprém Rádió, és az A épületben működött a Veszprémi Megyei Nemzeti Forradalmi Tanács. A forradalom leverése után több oktatót és hallgatót deportáltak a Szovjetunióba. 1962-től a vezető hivatalosan is rektori címet kapott, és 1963/64-re az egyetem rendelkezett a legtöbb Kossuth-díjas oktatóval (5 fő).
1964 és 1966 között László Antal látta el a rektori feladatokat. Őt követte Káldi Pál (1966–1971), akinek idején 1969-ben megrendezték az első Veszprémi Egyetemi Napokat (VEN), mely országos hírű hallgatói rendezvénnyé vált. Ugyanebben az évben elindult a többfokozatú mérnökképzés, először üzemmérnöki diplomával. A hetvenes években, immár Nemecz Ernő második rektori ciklusa alatt (1971–1980), újabb szintekkel bővült a képzési rendszer: szervező vegyészmérnök, majd szervezett műszaki doktori képzés, illetve agrárkémikus szak Keszthellyel közösen.
A nyolcvanas évek elején Inczédy János (1980–1981), majd Heil Bálint (1981–1989) irányította az egyetemet. Ebben az időszakban megfogalmazódott az universitas eszméje, az egyetem többkarú bővítésének szükségessége. 1984/85-ben elindult a Budapesti Műszaki Egyetemmel közös műszer- és méréstechnikai szak.
1989-ben Liszi János vette át a rektori feladatokat (1989–1995), és nevéhez fűződik a rendszerváltás időszakának átalakulása: az intézmény neve Veszprémi Egyetem lett, és kétkarúvá vált (Mérnöki Kar és Tanárképző Kar). 1992-ben megalakult a Hallgatói Önkormányzat, és elindultak a PhD-képzések. 1995–1998 között Győri István volt a rektor, ebben az időszakban bevezették a NEPTUN hallgatói információs rendszert és a kreditrendszert, valamint az egyetem megszerezte a MAB “akkreditált egyetem” minősítését.
Az 1998-tól 2007-ig tartó időszak Gaál Zoltán rektor nevéhez fűződik. Ebben az évtizedben rendkívül dinamikusan bővült az intézmény: új karok jöttek létre (Gazdaságtudományi Kar, Műszaki Informatikai Kar), csatlakozott a Georgikon Mezőgazdaságtudományi Kar, új képzési helyek nyíltak Nagykanizsán és Pápán. 1999-ben az egyetem fennállásának 50 éves jubileumát ünnepelte, amelynek részeként megrendezték az első Balaton Regattát, amely azóta is meghatározó hallgatói és dolgozói esemény. Emellett jelentős infrastrukturális fejlesztések is történtek: megépült a Hotel Magister, és az Egyetemi Könyvtár és Levéltár a felújított M épületbe költözött. 2006-ban az intézmény új nevet kapott: Pannon Egyetem.
2007–2011 között Rédey Ákos volt a rektor. Nevéhez fűződik a Központi Kollégium felújítása, az elektronikus leckekönyv bevezetése, valamint a tanárképzés újrastrukturálása. 2011-től Friedler Ferenc vezette az egyetemet 2015-ig. Ez idő alatt új képzési hely jött létre Kőszegen, megalakult a Tanárképző Központ, és megerősödött a víztudományi kutatás, különösen a nagykanizsai Soós Ernő Kutatóközpont révén.
2015–2024 között Gelencsér András volt a Pannon Egyetem rektora. Ez a korszak jelentős tudományos és szerkezeti fejlődést hozott: elindult a duális képzés, csatlakozott a zalaegerszegi mechatronikai mérnökképzés, megépült a Nanolab elektronmikroszkópos laboratórium, új kampuszok nyíltak Ajkán és Zalaegerszegen, és az egyetem aktív szereplője lett az Európa Kulturális Fővárosa 2023 programnak. Ugyancsak ebben az időszakban rendezték meg az első Balaton Solar Boat Challenge-et.
2024 júliusától Abonyi János vette át a rektori feladatokat. Az új vezetés irányítása alatt az egyetem ünnepli alapításának 75 éves jubileumát, és új stratégiai irányokat határoz meg a jövőre nézve, miközben folytatódik a campusok megújítása, és erősödik a nemzetközi jelenlét.
Idővonal
1949-1952
1949: Egyetemi rangú oktatási intézmény Veszprémben: A BME Nehézvegyipari Kara
1951: Önálló intézmény: Veszprémi Vegyipari Egyetem. Egykarú egyetem lévén a dékán rektori jogkört gyakorolt.
1952-1953
1952. augusztus 20.: NEVIKI és MÁFKI ünnepályes átadása
1953-1954
A hallgatói létszám, az egyetemi apparátus folyamatosan nő, új épületekre van szükség: először a mai E és D, majd 1953 őszére a C épület készül el, az aulát 1959-ben adják át.
1954-1963
1956. október: a Veszprémi Vegyipari Egyetemi MEFESZ szervezetének megalakulása, a Szabad Veszprém Rádió megkezdi adását a C épületben, létrehozzák a Veszprémi Megyei Nemzet Forradalmi Tanácsot az egyetem A épületében. Novemberben fegyveres harc és deportálások a Szovjetunióba.
1964-1966
1962. Az egyetem vezetője rektori címet kap.
1963/64. 3 akadémikus, 6 tudományok doktora és 7 fő rendelkezik kandidátusi fokozattal. A Kossuth-díjasok száma akkor a legmagasabb, 5 fő.
1966-1971
1969. Az egyetem alapításának 20. évfordulóján megnyitja kapuit a VEN, az első Veszprémi Egyetemi Napok, ami országosan is egyedülálló hallgatói rendezvény.
1969/70. Többfokozatú képzés elindulása: üzemmérnöki diploma
1971-1980
Az 1970-es években erre épül a következő két fokozat: szervező vegyészmérnökképzés, majd szervezett műszaki doktori képzés. Veszprém és Keszthely közös képzést indít: agrárkémikus szak.
1980-1981
Az országos gazdasági változások rávilágítanak az egykarú vegyészmérnök képzés problematikájára. Felmerül az universitas kialakításának gondolata.
1981-1989
1984/85. Létrejön a Budapesti Műszaki Egyetem Villamosmérnöki Karával közös képzésben a műszre-és méréstechnikai szak.
1989-1995
1990. Az intézmény új neve Veszprémi Egyetem, amely immár kétkarú: Mérnöki Kar és Tanárképző Kar. 1992-ben mgalakul a Hallgatói Önkormányzat, elindulnak a PhD-képzések.
1995-1998
1996. Bevezetésre kerül a Neptun hallgatói rendszer és a kreditrendszer. A MAB “akkreditált egyetem” minősítése.
1998-2007
1999. Az egyetem 50 éves jubileumán elindul az első Balaton Regatta. Pápán megalakul a Pedagógiai Kutatóintézet.
2000. Csatlakozik a Georgikon Mezőgazdaságtudományi Kar, új képzési hely Nagykanizsán, átadásra kerül az első rektorról elnevezett Polinszky-terem.
2001. A Doktori Iskolák működésének kezdete.
2003. Megalakul a Gazdaságtudományi Kar és a Műszaki Inforamtikai Kar.
2004. A Műszaki Kémiai Kutatóintézet integrációja. Megkezdődik a BSc képzés a Műszaki Informatikai Karon. A hallgatói létszm 10.000 fő fölött.
2006. A Hotel Magister felépülése. Az Egyetemi Könyvtár és Levéltár a felújított M épületbe költözik. Az intézmény új neve: Pannon Egyetem.
2007-2011
2008. A Központi Kollégium felújítása.
2009/2010. Elektronikus leckekönyv bevezetése. Felsőoktatási szakképzés indul Székesfehérvárott. “Kiváló Egyetem” minősítés.
2015-2024
2025. Duális képzés indul a Mérnöki Karon.
2016. Csatakozik a Zalaegerszegi Mechatronikai Mérnökképzés.
2018. Felépül a Nanolab, az elektronmikroszkópos laboratórium.
2021. A Georgikon Kar leválása, a Zalaegerszegi Gazdálkodási Kar csatlakozása.
2022. Megnyitja kapuit az Ajka Kampusz.
2023. A Pannon Egyetem szerepvállalása az Európa Kulturális Fővárosa programsorozatban, az első Balaton Solar Boat Challenge futam.
2024. Megújul az alsó kampusz Veszprémben.
2011-2015
2013. Új telephely Kőszegen. Osztatlan tanárképzés újra, önálló Tanárképző Központ alakul.
2014. Létrejön a Soós Ernő Víztechnológiai Kutatóközpont Nagykanizsán.
2024-
75 éves jubleumi rendezvénysorozat. Új stratégiai irányvonalak meghatározása.